Flauberta uważa się za pierwszego przedstawiciela naturalizmu. Wyznawał hasło „sztuka dla sztuki”, dążąc do najwyższej doskonałości formy, przy możliwie największym obiektywizmie opisu. Był jednym z największych mistrzów literatury francuskiej XIX wieku.
Był drugim dzieckiem Achille’a-Cléophasa Flauberta (1784 – 1846), chirurga praktykującego w Rouen, i jego żony, Anny Justyny, z domu Fleuriot. Swoje pierwsze kroki jako pisarz zaczął stawiać w bardzo wczesnym dzieciństwie, wg niektórych źródeł już jako ośmiolatek. Wykształcenie zdobył w swoim rodzinnym mieście i nie opuścił go aż do roku 1840, kiedy to udał się do Paryża, by studiować prawo.
Studia w Paryżu traktował z dystansem; mówi się, iż był raczej biernym studentem aniżeli pasjonatem prawa. Pomimo że był zniesmaczony miastem, zawarł w tym okresie kilka znajomości, między innymi z Wiktorem Hugo. Pod koniec roku 1840 udał się w podróż po Pirenejach i Korsyce. W roku 1846 opuścił Paryż i ostatecznie porzucił studia prawnicze.
Zadebiutował dwoma utworami młodzieńczymi o treści erotycznej: Les memories d’un fou (1838) i Novembre (1842; polski przekład W. Mitarskiego: Listopad, 1920).
Pierwszym dojrzałym dziełem Flauberta jest Madame Bovary (1857; Pani Bovary). Autor ukazał smutne dzieje bohaterki z nieubłaganie naturalistyczną wiernością, rozmyślnym chłodem i ściśle poprawnym językiem. Druga jego historyczno – archeologiczna powieść Salammbô (1862; Salambo) przedstawia życie dawnej Kartaginy za czasów Hamilkara Barka. L’éducation sentimentale (1869; Szkoła uczuć) jest obrazem młodzieńczej miłości autora na tle towarzystwa francuskiego w latach 1840-1850. Dialog Tentation de saint Antoine (1874; Kuszenie św. Antoniego) jest fantastycznym utworem filozoficznym i historyczno – kulturalnym. O wiele wyżej stoją pod względem artystycznym Trois contes (1877; Trzy opowieści). Pośmiertnie, w roku 1881, wydano nieukończoną satyrę Bouvard i Pécuchet, skierowana przeciw ludzkiej głupocie podejmującą m.in. problem pisarstwa historycznego. Nieobca mu była również twórczość dramatyczna, a najbardziej znanym utworem z tego zakresu jest Kandydat. Ostatnie wydanie zbiorowe jego dzieł to Oeuvres complètes illustrées (Edition du centenaire, (1921—1925), składające się z 15 tomów, w tym 4 tomy Correspondance).
Zmarł 8 maja 1880 w Croisset.
O powieści Bouvard i Pecuchet, z której Flaubert chciał swoje największe dzieło, przewyższające pod względem walorów artystycznych wszystko, co wyszło wcześniej spod jego pióra, przeczytasz TUTAJ.